Peter Rabbit (James Corden) bersama 3 saudaranya Flopsy (Margot Robbie), Mopsy (Elizabeth Debicki) dan Cotton Tail (Daisy Ridley) selalu menghabiskan waktu dikebun sayur Mr. McGregor (Sam Neill). Tetapi ketika Thomas McGregor (Domhnall Gleeson) pindah kerumah tersebut dia terkejut melihat keluarga kelinci dirumahnya. Pertarungan antara Thomas dan para kelinci tersebut demi memperebutkan rumah dan kebun sayur menjadi tidak bisa dihindari lagi.