Thomas (Dylan O'Brien), Newt (Thomas Brodie-Sangster) dan Frypan (Dexter Darden) merupakan "Gladers" terakhir yang kebal dari virus Flare yang telah menginfeksi seluruh dunia. Thomas memimpin mereka untuk menyelamatkan teman mereka yang ditahan oleh organisasi WCKD. Mereka pergi ke kota terakhir dimana markas WKCD berada dimana disana terdapat labirin yang paling mematikan. Siapa saja yang berhasil lolos dari labirin tersebut akan mendapatkan jawaban yang selalu ditanyakan oleh para Gladers.